Здесь описываются все пункты меню UFO-toolkit. В конкретный момент времени в программе отображаются только те пункты меню, которые необходимы для текущей работы.

Файл:
Файл > Создать - Создает новую UFO модель или новое рабочее пространство.
Файл > Открыть - Открывает существующую UFO модель или проект.
Файл > Открыть проект... - Открывает существующее рабочее пространство.
Файл > Открыть последний - Открывает последние из использовавшихся моделей и рабочих пространств.
Файл > Закрыть проект -Закрывает рабочее пространство.
Файл > Сохранить - Сохраняет текущую модель.
Файл > Сохранить как… - Сохраняет текущую UFO модель под другим именем.
Файл > Сохранить проект как… - Сохраняет текущее рабочее пространство под другим именем.
Файл > Сохранить всё - Сохраняет все открытые модели вместе с рабочим пространством.
Файл > Выход - Завершает работу с UFO-toolkit.
Правка:
Правка > Отменить - Отменяет последнее выполненное действие (работает только для тех действий, отмена которых возможна).
Правка > Вернуть - Если какое-то действие было отменено, позволяет снова повторить его.
Правка > Вырезать - Помещает выделенные объекты в буфер обмена и при этом удаляет их из текущей модели.
Правка > Копировать - Помещает выделенные объекты в буфер обмена и при этом оставляет их без изменения в текущей модели (делает копию).
Правка > Вставить - Помещает объекты, находящиеся в буфере обмена, в активную область текущей модели (если такая вставка возможна).
Правка > Удалить - Удаляет выделенные объекты из текущей модели.
Правка > выделить всё - Выделяет всё...
Правка > Найти... - Поиск необходимого элемента, связи или текста в текущем рабочем пространстве.
Вид:
Вид > Браузер - Позволяет показать или скрыть браузер.
Вид > Редактор свойств - Позволяет показать или скрыть редактор (панель) свойств.
Вид > Панели инструментов- Позволяет показать или скрыть панели инструментов.
Проект:
Проект > Добавить новую модель - Добавляет новую модель к рабочему пространству.
Проект > Добавить существующую модель - Добавляет новую существующую модель к рабочему пространству.
Модель:
Модель > Удалить из проекта - Удаляет текущую модель из рабочего пространства.
Сервис:
Сервис > Опции... - Выводит на экран окно настройки опций, позволяющее изменять параметры UFO-toolkit.
Окно:
Окно > Каскадом - Отображает открытые окна диаграмм и библиотек каскадом.
Окно > Упорядочить - Поровну разделяет пространство между открытыми окнами.
Окно > Минимизировать всё - Сворачивает все окна.
Окно > Закрыть всё - Закрывает все окна.
Окно > [Список текущих окон] - Пункт меню "Окна"содержит список открытых окон с помощью которого можно изменит активное окно.
Окно > Окна… - Выводит список открытых окон для их просмотра и обработки.
Справка:
Справка > Документация... - Показывает документацию и справку по UFO-toolkit.
Справка > О программе... - Выводит информацию об авторах и версии UFO-toolkit.

С помощью некоторых команд меню в программе вызываются дополнительные диалоговые окна. Они позволяют пользователю уточнить различные системные настройки и параметры и предоставляют дополнительные функции.