В UFO-toolkit можно создать пустой проект, который не содержит моделей или сразу создать новую модель. При этом автоматически будет создан новый проект. Новую модель можно создать в любой момент при работе с текущим проектом, т.к. в проекте может быть несколько моделей.

Также стоит отметить, что в контекстном меню проекта есть пункт «Добавить существующую модель». Этот пункт позволяет добавить в проект ранее сохранённую модель, вместо создания новой модели.